1)不同教派，即佛教和道教；

2)文殊象征智慧，文昌象征名利。

3)崇拜的方式不同。比如崇拜的物品，摆放，崇拜的语言。

文殊菩萨是伟大的佛教徒之一，象征着这种智慧。它的肖像和雕像通常手持智慧之剑。文殊菩萨是三佛智慧的化身。可以尊奉、供养、念诵文殊菩萨的名号或咒语，可以增长智慧和口才，消除业障，甚至成就无上菩提。

文昌帝是道教的神之一，不可能是菩萨。他负责世界文学运动和考试。文昌帝是中国民间和道教所尊崇的掌管文人名利的神。文昌星本名星，也叫文昌星，或卫星，在古代被认为是掌管云纹名声的星。成为汉人和道教信仰的文昌帝，与梓潼神张亚子有关。

扩展数据:

拜文殊菩萨:

1)供品:六至十二种素菜、水果(番石榴、释迦牟尼不可)、三碗素饼、馒头、红汤圆、面条、寿桃、香花、冰糖、鲜花、三杯绿茶。

2)祭祀:祭祀时间一般在午前，有供品，有灯(蜡烛)，有茶有香，有三拜。香烧至三分之一时，双手合十拜神，即可撤供品。文殊菩萨既然是佛教的神，就不供肉不供酒。

崇拜文昌皇帝:

1)供品:芹菜(代表勤勤恳恳)、大蒜、洋葱、菜头(好彩头)、桂花、包子饺子、油一瓶。

2)禁忌:芹菜、葱、蒜煮的时候不要加肉丸和鸡蛋，以免弄个零蛋或者死掉；一定要记住，拜过的供品一定要带回家煮给考生吃，一定不能变成垃圾。

3)拜神:拜神时，将拜神物品放在拜神桌上，点上一对“斗烛”，要一张金纸。

参考资料:

文昌帝君-百度百科

文殊菩萨-百度百科