余干地处亚热带，气候温和湿润，日照充足，雨水充沛，无霜期长，季风明显，四季分明，有利于农作物的生长。多年平均气温17.8℃，1年最冷月平均气温5.2℃，极端最低气温-14.3℃，最热月平均气温29.7℃，极端最高气温40℃。近10年冬季气温逐渐变暖，重霜冻、大雪、冰冻天气罕见。

(1)气温:当地气候属于亚热带湿润季风气候，主要特点是春暖夏炎，秋凉冬冷，气候温和，四季明显，水分充足，日照充足，无霜期长，有利于农作物的生长。多年平均气温17.8℃，1年最冷月平均气温5.2℃，极端最低气温-14.3℃，最热月平均气温29.7℃，极端最高气温40℃。近十年来，冬季气温逐渐变暖，重霜冻、大雪、冰冻天气罕见。

(2)光照:年平均日照时数1872小时，日照率42%，太阳总辐射100.29大卡/平方厘米，历年平均无霜期256天。

(3)降水和蒸发:年平均降水量1，586.4 mm，4、5、6月为雨季，占全年降水量的40-50%。月平均降雨量200 mm以上，年平均蒸发量1，557.7 mm，7-1，654，38+0。

(4)风:市区全年主导风向为北风，夏季主要风向为偏南风，年平均风速3.5m/s，属于赣东北多风地区，57%的大风发生在4、7、8月份。1964年最大风速超过40m/s(12以上)，对县城造成严重破坏。新疆是流经余干的最大河流。发源于浙赣交界的怀玉北麓平家园，经玉山、上饶、贵溪、鹰潭、余江县等县市，再从县城东南的潭埠进入，分两路到达通江滩。从东到北，一条经县城马背口进入珠湖，称为东大河，一条经瑞洪向西进入鄱阳湖，称为西大河。此外，县城边缘还有唐三河和胡慧河，大兴水利时被堵，已成为被动河。新河多年平均流量888立方米/秒，1998年最高梅岗水位29.84米(吴淞水位)，70年最低水位60立方米/秒，最低水位18.04米，81年最低水位50.8立方米/秒，最低水位17.93米。洪水频率为5%(以上数据来自1993年余干县总体规划设想)。

县城地下水资源丰富。余干县信江河谷松散岩类孔隙水区域中部，即凤岗-县城-保安山煤矿区有岩溶水覆盖，县城-杨刚地区含水层汇水面积68*106平方米，覆盖裂隙水开采资源量31.4万吨/日，地下水位3-6米。地表水认为是长江以东的一条大河，流经县城，多年平均径流量654.38+07.56亿立方米，县城周边河段为ⅱ类水质。余干县经历了多次构造运动，其构造特征可分为社更-吴磊复背斜、余干镇-凤岗向斜、瑞洪-康山坳陷带等构造带。

余干县城无塌陷、滑塌、滑坡、风化等不良地质现象。根据福建江西地震序列图，余干地震序列为6度。该县属于二级阶地冲积平原区，表层土层较厚。石湖市区构造不稳定，属山前冲积扇，沟壑纵横，水塘纵横，沉积时间短。土层大致分为:填土层、含淤泥的轻壤土层、壤土层、细砂层，层间无明显界线，呈尖灭状。填土层、含淤泥的轻亚粘土层、亚粘土层承载力低(5-10t/m2)，不能作为天然地基持力层。县城外围赣粤大道周围土层结构相对稳定，一般为填土层、粉质粘土层、中砂层砾石层。粉质粘土具有良好的承载力，是良好的天然地基土。