1244年,阔端给萨迦派潘地塔写了一封邀请信。这封信表面上是邀请萨迦派潘地塔到凉州(今甘肃武威)商谈西藏未来的安排,实际上是威胁他“不来就让西藏惨”。63岁的萨加尔·潘迪塔根据当时的情况做出了一个大胆的决定:走!一方面,他不想看到西藏血流成河。另一方面,他也想借助蒙古人加强自己在西藏的势力。当时西藏教派众多,竞争激烈。如果他想赢,他必须依靠强大的外部力量。
于是,萨迦的潘迪塔不顾体弱,带着两个侄子,即10岁的巴斯帕和6岁的查那多吉,出发了。两年后,三人抵达凉州,并于1247年1月与阔端会面,开始了改写蒙藏历史的会谈。实际上,萨加尔、潘迪塔和阔端之间的会谈是关于如何确保西藏各种势力的利益和将西藏归还给蒙古。会谈结束后,萨迦·潘迪塔给西藏人民写了一封诚挚的信,敦促西藏加入蒙古。在此期间,由于萨迦·潘地塔医术高超,治好了阔端的旧病,所以藏传佛教深受阔端的信服。
萨迦派的潘迪塔和两个侄子住在凉州。巴斯巴继续跟着萨迦派的潘迪塔学习佛教知识,查那多吉则穿上蒙古服,学习蒙古语。后来查那多吉娶了阔端的女儿,蒙藏贵族之间形成了婚姻关系,这也符合萨加尔昆家族以一子传宗接代的传统。
1251年11月,萨迦派的潘迪塔死于凉州浣花寺,年仅17岁的八思巴成为萨迦派的教主。
1253年夏,忽必烈的军队到达六盘山、临洮,邀请八思巴到军营谈话。虽然有史料记载,八思巴之前曾与忽必烈见过面,但这是八思巴第一次以首领的身份与忽必烈见面。忽必烈先打听了西藏历史和萨迦派潘迪塔的情况,然后转移话题,说要派人去西藏摊派士兵,征集财宝。这一次,八思巴急了,赶紧说:“吐蕃只是个偏僻小地方。地狭人稠。请不要摊派士兵。”多次邀请后,忽必烈置若罔闻。巴斯巴说,“在这种情况下,西藏的僧人真的没有必要留在这里。请让我们回家吧。”就在两人僵持不下的时候,忽必烈的“枕风”起了重要作用。她告诉忽必烈,八思巴在学识和功德上比很多老和尚强很多倍,应该把他留下。
于是忽必烈和八思巴又聊了起来,问他:“你的祖先是做什么的?”八思巴说:“我的祖先在汉、西夏、吐蕃都曾被皇帝奉为大师,所以威望很高。”忽必烈不了解吐蕃的历史,就问:“吐蕃什么时候有国王?这和佛书上说的不一致,肯定是假的。”八思巴描述了吐蕃王与汉作战,吐蕃获胜,然后与汉成亲,迎娶公主与神灵的故事,说佛书虽然没有记载,但文献中有记载,查阅一下就可以知道。
八思巴说的是唐朝松赞干布娶文成公主的故事,于是忽必烈翻了翻汉朝的史书,发现这些都记载在《唐书》里。之后八思巴说了一些典故,被证明是真的,于是忽必烈很佩服八思巴,要他教赫瓦吉拉灌顶(藏传佛教的重要仪式之一)。但八思巴提出一个条件:“上师开悟后,要坐在座上,用身体礼拜,服从上师的话,不能违背上师的意愿。”忽必烈哪里会接受?查碧又出来说:“人少的时候,上师可以坐在位子上。但君、徐、官、臣聚会时,单于王坐在位子上。”就这样,忽必烈以八思巴为上师,奠定了以藏传佛教为国教的元朝帝国师制的建立。
八思巴被召去见忽必烈和雪禅可汗。当时忽必烈及其子女以世俗人拜见上师的礼遇会见了八思巴。其中25人是在八思巴面前受密宗开悟的。忽必烈汗向巴西巴献上财宝作为入会支持。
1255年,八思巴从康曲返回西藏,迎接唐娜堪钦扎巴桑格接受僧人的戒托,完成佛教僧人一生中最隆重的仪式。不久,八思巴回到了商都。当时的蒙古国王韩能够公平对待佛教、道教等宗教。所以佛道之间经常发生争论。为了解决这个问题,蒙哥汗命令忽必烈主持并评判两派的优劣。
1258年,一场佛道大辩论在上渡宫举行,各派17人参加。佛方由少林寺负责,八思巴作为观察员出席。但在辩论中,道教以史记为论据反驳正统佛教,佛家方面一时无法回应。此时,八思巴引用了道家的论据进行阐述,并将道家一方的论据列为矛盾的。最终,争论以道方承认失败而告终。十七个道士被削发为僧,少数道观被改造为佛寺。
1260年,忽必烈继位蒙古汗,随即封八思巴为国师,并赐玉玺。
1264年,忽必烈迁都大都(今北京),在中央政府内部设立总院,负责全国的佛教和藏区事务,命八思巴作为国师负责总院事务。1265年,八思巴回藏,修缮萨迦寺,如新建佛像、佛塔,用金汁书写大藏经中大量甘珠尔部分。同时,他们学习和教授佛教教义和仪轨,如佛教、佛教、佛教、佛教、佛教、佛教、佛教、佛教和佛教,以及藏族传统文化。八思巴回藏三年,期间受忽必烈指示创作“蒙古新文字”。蒙古语新词是巴斯巴根据藏语的30个字母创造的由41个字母组成的新文字,其读音和发音均为蒙古语。后来蒙古语新词也叫八思巴蒙古语。八思巴向忽必烈呈上蒙古新文字后,忽必烈非常高兴,并于1268年颁布诏书,诏令所有诏令和地方公文必须使用蒙古新文字,试图在全国推广新文字。1270年,八思巴第二次授予忽必烈密宗灌顶。因为八思巴为元朝中央创造了新的人物,并授予元朝皇帝神圣的印心,所以受到元朝皇帝的高度重视。忽必烈提拔八思巴为皇帝,并赐玉玺。书名叫做“遍天下,地之上,西帝,化身佛,造字,护国政,掌握五明潘迪塔的八思巴帝”,又称大宝帝,或简称帝。1276年,八思巴从大都到达萨迦寺。这一次,八思巴回西藏,由真金亲王护送。途中,八思巴为真金撰写并传授了《张之伦》,并翻译成中文收录于《大藏经》。1277年,八思巴在曲密仁莫(唐娜寺附近)与七万僧人举行了盛大的法会,史称曲密法会。1280年,巴斯巴在萨迦寺拉仓张拉英年早逝,享年46岁。萨迦寺八思巴死后,忽必烈赐衔“教文轩助大圣于西天佛学大师德普觉真知友”。1320年,元仁宗颁布圣旨,在全国各地修建八浴帝庙,以永远纪念这位英雄。