主体建筑为中路,离山门有七个院落,在轴线上对称分布。中路的建筑有天王殿、生命大殿、长寿阁、大禅堂,假山上的观音、文殊、普贤殿,地下的洞窟、御碑阁、无量寿佛殿、万佛楼。西路是宫,东路是方丈院。
曼居吉山门为歇山楼,宽3间,两侧砖刻八字墙,山门大殿两侧有石窗,山门上方有清顺治帝国政府赐的石碑,券顶有百只蝙蝠翱翔蓝天白云图,百只红蝙蝠在蓝天白云间飞翔。红蝙蝠的谐音是“鸿福”,全图意为“鸿福齐天”,为的是祝愿入寺者祈福。
山门两侧夹壁和影壁的砖雕,构图精细,是不可多得的艺术品。
进山门就是天王庙。天王庙两侧有一棵古槐,直径超过1米。
天王殿前的左钟楼和右鼓楼是山顶上的重建筑。被称为“王钟”的永乐大钟曾悬挂在这里。在它的前面,有一对横幅,一个白色大理石基座。
天王庙是一座依山而建的建筑。建于明朝万历年间,清代重建。它有三个房间宽。原来有一尊弥勒佛像和一尊护法像,两边有四尊天王像。
大雄宝殿,又名大延寿殿,宽5间,殿顶,明室后檐上有宝库,有九个牌坊支撑。清代雍正帝所写的“回日长会”原碑文已不翼而飞。还有乾隆皇帝的御书栏:以戒之光,烟四海;
清凉世界之外,花石如其真。
寺内有三尊佛像,两侧十八罗汉,一尊倒置的观音泥塑。与众不同的是,寺内三世佛前还有一尊毗卢佛,也叫许愿佛。毗卢佛是三体佛的佛。佛的莲花是千叶莲花,每个莲花花瓣上有一个小佛,是释迦牟尼的佛。
传说这尊佛像是皇帝亲自从佛教发源地印度请回来的。通常人们向佛许愿后,如果愿望实现了,就应该去许愿的寺庙,但这个被称为“许愿佛”的佛是不需要许愿的,因为对他许的愿一定会实现。
自从把佛请回来之后,就一直供奉在曼居吉,只允许皇帝向他跪拜许愿,唯一的“许愿佛”就供奉在曼居吉。
佛三背后有一尊慈眉善目的观音菩萨像,因朝北而被称为“观音反坐”。关于这尊观音像还有一段传奇的宫廷秘史:慈禧太后去颐和园,把曼菊吉作为她的宫殿,在这里休息。大太监李为了讨好慈禧太后,设计了这尊观音像,放在佛祖三世身后,预示着慈禧太后会听政。李用这尊塑像把慈禧比作大慈大悲的观音菩萨。而观音反坐则表示“观音已至”。