清朝和明朝期间，慈宁宫被用作皇太后的官邸。顺治十年(1653)、康熙二十八年(1689)、乾隆十六年(1751)恢复。乾隆三十四年(1769)，慈宁宫正殿由单檐改为重檐，后卧室后移，就成了我们今天看到的这个形状。

孝庄皇后在顺治十年(1653)搬进慈宁宫，成为它在清朝的第一位客人。孝庄皇后死后，皇后们都不敢住在慈宁宫，因为据说慈宁宫里有异象。事实上，没有人敢住在慈宁宫，因为孝庄皇后的地位极高，皇太后和太妃都觉得自己的地位有点压倒性。他们感到有压力不是没有原因的。一生辅佐三皇的孝庄，在清朝的建立和国家统一大业中发挥了重要作用，堪称刚柔并济的一代杰出女性。

小庄生于1613年(明万历四十一年)，科尔沁蒙古族左翼旗手。13岁时，她嫁给了比她大20岁的努尔哈赤第八子皇太极。在此之前，她的姑姑和姐姐都嫁给了皇太极。庄妃为皇太极生了三女一子，她的儿子福临就是后来的顺治皇帝。据史书记载，庄妃自幼“没有其他好东西，只爱画史”，对治国之道颇感兴趣。在她当上皇太后之前，民间就流传着她曾帮助皇太极降服洪承畴的故事。1643年皇太极突然驾崩，众王兄弟都盯上了皇位。萧庄以高超的谋略和技巧，成功说服多尔衮放弃，转而支持儿子福临，成为清军入关后的第一个皇帝。

说到多尔衮，就不得不提到太后婚变之谜，它位列清朝四大谜团之一。电视剧《康熙王朝》中有一幕是小庄劝说康熙的女儿嫁给高尔丹。说到她和多尔衮的关系，晓庄的话开始含糊不清...赞成嫁娶派和反对派，双方都有自己的证据和支持者。之所以赞同派，是因为张煌言在顺治年间写了一首诗，世人皆知:“末世寿丧为圣像，慈宁宫满烂门。昨日春宫入新仪注，大礼拜太后为婚。”坦白说，太后是在慈宁宫结婚的。而且多尔衮曾经被尊称为“太上皇的摄政王”。三、满族原兄娶寡嫂的习俗另外，孝庄死后，并没有葬在沈阳皇太极的昭陵，而是葬在山海关的清东陵，颇为奇特。亲派认为，这是她嫁给多尔衮的证据，她死后与始皇帝合葬。至于正史书籍，没有记载，主要是汉化深入以后，出于忌讳和羞耻，把记载抹掉了。

但反对派也有理由反驳。著名清史专家孟森曾撰文反驳:第一，张煌言的身份是南明政权的反清将领，写这首诗的目的主要是道听途说的嘲讽。另外，慈宁宫在孝庄迁入前顺治十年翻修，多尔衮两年前病逝。第二，“皇父”的称谓类似于“尊父”。以前也有国王这样称呼大臣的。第三，孝庄太后并不是清朝唯一一个与皇帝合葬的人，历代都有。孝庄陵被称为“赵茜陵”，也说明它与皇太极的“昭陵”相协调。总之，小庄是否嫁给多尔衮，还是一个有争议的话题。

无论如何，小壮为了保证儿子的地位和政治稳定，几次成功扑灭叛逆的火星，是不争的事实。她还积极经营满蒙婚姻。科尔沁蒙古有10个女儿嫁到北京，科尔沁皇室有8个格格出嫁，通过婚姻巩固了满蒙关系。慈宁宫每年的传统是，正月十六，慈禧太后在此宴娶外国公主、公主、福晋以及蒙古王公的妻子，以笼络蒙古贵族，鼓励这些代表清廷为国家做出贡献的公主。